計算機実習のための環境整備
必要な環境
- 「計算機実験ハンドブック」に書いてあることが、自分のPC上で一通り試せるような環境を準備する
- プログラミング (オフライン・リモート利用)
- エディタ、コンパイラ(C, C++, Fortran, BLAS/LAPACK, MPI/OpenMP)
- 計算結果のプロット (オフライン利用)
- gnuplot (python/matplotlib, MATLAB でも可)
- 文書(レポート、論文)の作成 (オフライン・クラウド利用)
- LaTeX (TeX Live あるいは Overleaf)
- ネットワークの利用 (ECCSなどの大学の計算機にリモートアクセスできる環境)
- ターミナル、SSH
- インタプリタ環境 (オフライン・クラウド利用)
- MATLAB、Python
- 他の講義や実験で必要な計算機環境の整備についても、できるだけサポート
- プログラミング (オフライン・リモート利用)
推奨環境
自分で環境を用意できるのであれば、基本何を使ってもよい
しかし、個別の環境をサポートすることは不可能。問題が生じた時は、まず推奨環境で試した上で質問
サポートする側とされる側で同じ環境が揃っていることが重要
- ceenv (VirtualBox版) + Overleaf
- Mac (Intel), Windowsで動作
- 注: Apple Silicon (M1/M2)では現状動作しない
- ceenv (Docker版) + Overleaf
- Mac (Intel/Apple Silicon)で動作
- 原理的にはWindowsでも動作するはずだが、スクリプト未整理
- 上記のceenv以外にもWSL2 (Windowsの場合)やHomebrew (macOSの場合)などを使って、必要な環境を揃えることが可能である
- Windows: WSL2の導入 [西村俊祐氏(物理学科2020年進学)による]
- macOS: Homebrewによる環境構築
- 上記に加えて、オンライン授業・実習を効果的に行うために、UTOL, Slackなどを活用する
準備
- UTokyo Account (東大限定)
- これがないと UTAS にも UTOL にもアクセスできない
- ECCSクラウドメール (@g.ecc.u-tokyo.ac.jp) (東大限定)
- 「計算機実験」Slack (「計算機実験」限定)
- 参加方法は UTOL で通知
- ceenv (Computer Experiment Environment) (VirtualBox版)
- VirtualBox仮想環境。UNIX全般、C, C++, Fortran, Python, 並列化プログラミング環境がこれ一つで揃う
- ダウンロードサイズは1.5GB程度
- インストール方法 https://github.com/cmsi/MateriAppsLive/wiki/ceenv
- MateriApps LIVE! (VirtualBox版)は ceenv に加えて、いろいろな物質科学シミュレーションも実行できる環境一式が揃っている (ただしサイズは少し大きい 〜2.6GB)
- 注: Apple Silicon (M1/M2)では現状動作しない
- ceenv (Computer Experiment Environment) (Docker版)
- Docker Image。UNIX全般、C, C++, Fortran, Python, 並列化プログラミング環境がこれ一つで揃う
- インストール方法 https://github.com/cmsi/MateriAppsLive/wiki/ceenv-docker
- Mac (Intel/Apple Silicon)で動作
- 原理的にはWindowsでも動作するはずだが、スクリプト未整理
- (あるいはceenvの代わりに) WSL2 (Windowsの場合)やHomebrew (macOSの場合)などを利用
- Windows: WSL2の導入 [西村俊祐氏(物理学科2020年進学)による]
- macOS: Homebrewによる環境構築
- LaTeX (計算機実験ハンドブック 第3章)
- Gnuplot (計算機実験ハンドブック 1.4節)
- ceenv (gnuplotインストール済み)
- Ubuntu (WSL2) (
sudo apt install gnuplot
でインストールできる) - Homebrew (macOS) (
brew install gnuplot
でインストールできる) - 単体でのインストール
- SSHリモートアクセス (計算機実験ハンドブック 1.2節)
- ECCSへのリモートアクセス (東大限定)
- 知の物理学研究センターワークステーション(ai)へのSSHリモートアクセス (「計算機実験」限定)
- MATLAB あるいは Python など、インタープリタ言語の一つに慣れておくと便利
- 電卓としての利用、図の描画、行列演算、数式処理、任意精度計算、など
- MATLABのインストールと利用方法
- Pythonはceenv、あるいはGoogle Collaboratoryを利用